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基因组中是否存在着样一些禁用序列（forbidden sequence）——与生命活动格格不入的有害序列？至少有一个研究小组是这么认为的。不像绝大多数的基因组测序计划那样去探索进化中保守的基因序列，他们的研究目标却是在搜索 “原始子”（*）：威胁生命活动的DNA序列或氨基酸链。
“像是在大海里找不知长相的细针一样，”伯依斯州立大学（美国爱达荷州）的遗传学教授Greg Hampikian（项目负责人）介绍，“但肯定会有一些DNA或蛋白质序列与生命活动不相称，如它们可能会与一些关键的细胞成分结合，从而被信号通路或是代谢通路之类的摒弃了。它们可能对一些物种有害，而对其他物种无害。我们需要做的就是将这些序列挖掘出来。” 为了实现这个目标，Hampikian和他的同事Tim Anderson开发了一套软件，用于计算和搜索所有可能的核苷酸序列。定好序列的长度后，就用这个软件扫描一些序列的数据库，如美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)的Genbank，希望从中发现一些世上“不存在”的最小序列。他们将只存在于部分物种中的序列称作“无效子”（**），在任何生物中都不存在的序列称为“原始子”。 Hampikian研究队伍有意寻找这种最短的但极为罕见的序列，这样可以尽可能地排除一些偶然因素造成的序列缺失，因为长序列容易被打断、拆散。至今为止，他们已经发现了86条长度为11个核苷酸的序列，这些序列在人类中从未有过报道。 同时，他们还识别出了6万多条15个核苷酸长度的原始子，746条5个氨基酸长度的“原始肽”（***），它们在任何生物中都没有报道过。“我们建立的这个数据库涵盖了所有可能的致命性序列” Hampikian自信地说。他希望随着数据库信息的不断补充，可以排除一些假阳性序列。本周，他将在夏威夷茂伊岛召开的太平洋生物计算讨论会(****)上展示他的研究成果。 这些序列究竟有没有重要的生物学意义还不清楚，但研究者已经想好了接下来要做的事情：把20条原始肽引入细菌、人类细胞中，以观察它们是否具有致死性或者激起免疫系统的反应。顺着科研思路，Hampikian建议接下去的实验还可能会开展一些有关“自杀基因”（suicide gene）构建的工作，让这些基因编码致死的氨基酸原始子。“我们可能会设计一些遗传修饰的生物体，如果‘自杀基因’果真能编码出有害的蛋白，那么生物体肯定会表现出异常症状”。 Hampikian对他工作的应用非常乐观。他已经从美国国防部获得1百万美金的经费支持用以开发出一套DNA“安全标签”（safety tag）——供法院作为裁定罪犯的参考证据。“这些标签可能并不会致死，但是原始子会让不同个体间的差异轻而易举地显现。” 英文词汇： *原始子：英文的用词为prime。查阅英文字典，发现若译为“精华”可能不符合原作者的真实意图，所以取意为“最早的部分”来理解，因为这些有害序列可能在生物体进化早期就已存在，但自然选择的压力迫使它们消失。译者略作修饰译为“原始子”。如果读者有更好的翻译，可与本站联系。 **无效子：英文的用词为nullomer。 ***原始肽：英文的用词为peptoprime。 ****Pacific Symposium on Biocomputing,PSB |
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