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来自斯坦福大学医学院病理学和遗传学系，约翰霍普金斯医学院生物学系，以及华盛顿Carnegie学院（Carnegie Institution of Washington）等处的研究人员发展了能帮助观测体内细胞质中蛋白和蛋白相互作用的分析方法：differential cytolocalization assay（DCLA），一方法已证实可以检测线虫RNA干扰和无意义介导衰变(nonsense-mediated decay，NMD) 途径过程中蛋白的相互作用。这一研究成果公布在《分子细胞蛋白质组学》（Molecular & Cellular Proteomics，MCP）杂志上。
这一文章由2006年诺贝尔奖医学/生理学奖获得者之一Andrew Z. Fire领导完成。 1998年2月，华盛顿卡耐基研究院的Andrew Fire和马萨诸塞大学医学院的Craig Mello证实，之前康奈尔大学Su Guo博士遇到的正义RNA抑制基因表达的现象，以及过去的反义RNA技术对基因表达的阻断，都是由于体外转录所得RNA中污染了微量双链RNA而引起。当他们将体外转录得到的单链RNA纯化后注射线虫时发现，基因抑制效应变得十分微弱，而经过纯化的双链RNA却正好相反，能够高效特异性阻断相应基因的表达。该小组将这一现象称为RNA干扰（RNA interference ,简称RNAi）。 在随后的短短一年中，RNAi现象被广泛地发现于真菌、拟南芥、水螅、涡虫、锥虫、斑马鱼等大多数真核生物中。这种存在揭示了RNAi很可能是出现于生命进化的早期阶段。随着研究的不断深入，RNAi的机制正在被逐步阐明，而同时作为功能基因组研究领域中的有力工具，RNAi也越来越为人们所重视。 随着RNAi研究的发展，对于发生RNA干扰过程中的蛋白及蛋白相互作用的研究也越来越受到科学家们的重视。在这一研究中，Fire等人在线虫中利用DCLA技术检测了RNAi和NMD过程中的蛋白相互作用，这种DCLA主要是通过膜结合“诱饵”，重新定位一种绿色荧光蛋白标记的“猎物”。 之前也有通过DCLA技术获得蛋白相互作用关系的数据，但是没有统一的负对照（无蛋白相互作用），并且在这一研究中，研究人员获得一些新 的相互作用，比如SMG-5相互作用——一种NMD必需蛋白，以及一些RNAi途径的元素。DCLA不用条件下操作都比较方便，可以进行体内蛋白相互作用动力学分析。 Fire等人的实验表明，DCLA技术可以帮助验证动物中RNAi和NMD亚族（subset）的相互作用，并且在没有辨认体内关键过程的前提下发现关键的联系。 |
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