痢疾杆菌经口进入消化道后，在胃内可被胃酸所杀灭。当人抵抗力降低时，痢疾杆菌则经胃进入小肠大量繁殖，有些死亡了的细菌释放出内毒素，刺激肠壁使其通透性增加。被吸收到血流的毒素，最后可从结肠粘膜排出，使结肠过敏和引起粘膜损害，在此基础上，痢疾杆菌和肠道其他细菌在粘膜表面和粘膜下繁殖，进一步产生破坏作用，引起炎症反应。
发病的初期，痢疾杆菌分泌的内毒素和炎症刺激肠壁神经末梢，而引起肠管痉挛、肠蠕动增加、肠壁吸收水分减少以及肠壁血管浆液渗出，并出现腹泻；此后，肠粘膜弥漫性充血水肿，大量中性粒细胞浸润，伴有大量粘液及纤维素渗出，最后形成溃疡、出血，才出现粘液脓血便。
阿米巴痢疾的大便特点，可随肠道的病变转化而不同，有的呈液状，有的呈半流动的，甚至为成形的大便，其中可无血液或粘液附着。但在痢疾发作时，由于阿米巴在肠壁内繁殖，引起组织坏死，或因侵袭较深，出血较多，坏死的组织混着血液随大便排出，就构成了阿米巴痢疾所特有的果酱色、鱼冻样、血腥恶臭且粪质较多的大便。
