自然疫源广泛，很多家禽、家畜、鼠、鸟和冷血动物是自然宿主，蝇、蚤可带菌传播，常由污染的水、牛奶和食物经口感染。
本病潜伏期一般为8～48小时。起病急，病初常以腹泻、发热起病，但一部分首发表现是咳嗽、精神萎靡、肺部湿罗音、腹胀或营养不良伴见脱水，此后才有明显腹泻症状。
本病主要症状为发热、腹泻、厌食、呕吐、腹痛、腹胀等，大便次数增多，严重者每日可达数十次，大便性状多样易变，为黄绿色或深绿色水样、粘液样或脓血便。新生儿可间歇排出白色胶冻样便，是由于胆总管和十二指肠乳头部炎症性水肿，使胆汁排出受阻所致，多为重症。腹泻频繁者可迅速出现脱水和酸中毒。大便镜检有大量白细胞及数量不等的红细胞。
本病病情轻重不等，年龄越小，病情越重，并发病越多。轻症排出数次不成形大便后随即痊愈，重症可发生败血症和远隔部位的化脓病变，甚至休克和DIC(弥散性血管内凝血)。一般病例的症状常在3～5天后消退，部分患儿发热和腹泻可持续2周左右。有败血症者病程较长，可达数周。半数患儿病后排菌约2周，少数达2个月以上，但6个月后多消失。
因该病早期症状不典型，常可被误诊。如先有咳嗽、肺部湿罗音，然后才出现腹泻症状者，极易被误诊为肺炎；如以发热、脓血便、稀水便或吐泻并存者，常被误诊为急性菌痢；以持续高热为主而略见稀糊便时，常难与结核、伤寒、风湿病相鉴别；特别是新生儿，当其感染本病后，不吃、不哭、体温不升、萎靡嗜睡时，就难与肺炎、败血症、硬皮肿症等鉴别。
因此早期诊断此病时，应注意以下几点：
(1)本病早期症状无特异性，主要靠细菌培养阳性确诊，但因为该菌在婴儿常呈间歇排菌现象，且有的患儿入院前已应用过多种抗生素，造成菌群失调，使鼠伤寒菌呈隐匿状态。所以对两岁以内急、慢性腹泻患儿，或6个月内突然发生腹泻的婴幼儿应连续作3次以上的大便培养，且要指明注意培养鼠伤寒沙门氏菌。
(2)幼托机构、婴儿室、新生儿病房发生的两人以上或集体腹泻现象，以及两岁以下长期腹泻婴幼儿，用抗生素治疗不佳者，应疑及本病。
(3)腹泻迁延不愈，大便性状多变，且具特殊腥臭味，即使无明显接触史和流行病学资料，也应高度怀疑并除外本病。
