基于变形杆菌有以上特点，所以变形杆菌性食物中毒所引起的疾病可呈胃肠炎或过敏反应的表现。肠胃型的潜伏期为3～20小时，主要表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻、头晕、头痛及发热等。大便每日数次至十余次，多为水样便，有恶臭，少数带粘液，无脓血。过敏型的潜伏期为半小时到两小时，表现为皮肤潮红、头痛、酒醉貌、荨麻疹等。部分病人可兼有上述两型的症状。本病多自限，一般于1～2日内即顺利恢复。
根据进食可疑食物、共食者集体发病和临床表现等可作初步诊断。另外，粪便培养可检出变形杆菌，用获得的变形杆菌为抗原作病人血清凝集反应，病人组较健康对照组凝集效价明显增高，以此可协助确诊。
本病胃肠炎型与沙门氏菌属性食物中毒的主要区别点是：前者腹痛、腹泻较恶心、呕吐多见，病程大多不超过两天，预后良好；后者病程多为2～4天，有死亡病例(早期由于败血症或休克死亡)。
本病的治疗方法为：胃肠型，可予补液及解痉剂，并可口服思密达；重症患者可给氯霉素、四环素或氟哌酸等；过敏型患者，可给予抗组胺药物，如息斯敏、扑尔敏或苯海拉明等；混合型患者，处理原则为抗组胺药与抗生素并用加对症治疗。
本菌在自然界分布极广，人类、家畜及家禽带菌率很高，由大便排出而污染饮水及食物引起中毒的机会极多，故应重点加强食品、鱼类产品的管理，注意饮食卫生，以避免本病的发生。
