肠结核的治疗目的是消除症状，改善全身情况，促使病灶愈合及防止肠梗阻、肠穿孔等并发症。
(1)休息与营养：休息与营养可加强患者的抵抗力，是治疗的基础。活动性肠结核须卧床休息，积极改善营养，对消瘦、营养不良和因胃肠症状而妨碍进食者，宜予以静脉内高营养治疗。
(2)抗结核治疗：应做到早期、联合、适量、规律和全程用药。为了使病人早日康复，防止耐药性的产生，多采用短程疗法，疗程为6～9个月，一般用异烟肼与利福平联合用药；伴严重肠外结核者，宜加链霉素或吡嗪酰胺或乙胺丁醇，三联用药1～1.5年。
(3)对症治疗：腹痛可用颠茄、阿托品和其他抗胆碱能药物。摄入不足或腹泻严重者，应补充液体与钾盐，防止水、电解质与酸碱失衡。对不完全性肠梗阻的病人，不仅要按上述对症治疗外，还需配合胃肠减压，以缓解梗阻近段肠曲的膨胀与潴留。
(4)手术治疗：适用于完全性肠梗阻、急性或慢性肠穿孔引起的粪瘘以及肠道大出血等内科治疗无效者。此外，对增生型结核也可考虑部分手术治疗。
本病的预后取决于能否早期诊断治疗。肠结核早期病变是可逆的，经适当治疗可完全痊愈；如果病程已至后期，即使给予合理、足量的抗结核药物治疗，各种并发症也难免发生。
