然而，即使应用上述的方式治疗，有时情况不见得都很好。因此，我们必须想出长期使用，也不会产生副作用的肠内细菌丛改善法。
换句话说，就是用抑制会产生有害物质的肠内细菌，以调整肠内细菌丛之平衡的方法，来谋求整个身体结构的正常化。
肠内细菌丛改善法有二种，是直接给病人服用双歧杆菌嗜酸菌;另一种则是给病人服用可间接使双歧杆菌增加的大豆低聚糖。
根据某报告指出，开始服用时，将掺有双歧杆菌的奶粉，一次10克溶入开水，给肝硬化或肝性脑症的一天服用三次，然后逐日一点一点增加分量，最后让病人一次服用100克。于是，肠内的双歧杆菌就会增加，症状也会明显地好转。
以往的治疗法必须将蛋白质的摄取量抑制在30克之下，但用此方法则可以将蛋白质的摄取量增至50克左右。因此，患者能从原本衰弱的状态中，早日恢复健康。
