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1906年德占当局成立的临时检疫所以预防鼠疫为主。1914年后日本港务所承担所有入港船只的检疫。检疫传染病种有痢疾、伤寒、霍乱、天花等数种。船载牲畜亦须接受检疫。1922年后，青岛海港检疫机关的日常工作是对国内外来港商船进行检疫，确认无检疫传染病后，发给入港许可证，对进出口货物中的陈旧物品进行消毒，签检除鼠消毒证书及危险品检验。1938年，日伪海务局检疫股负责船舶检疫、消毒，兽类及植物检疫，灭鼠（硫磺熏舱灭鼠）、除虫等。在预防天花、霍乱期间，负责对进出港船只船员、旅客的预防接种和传染病检验。1945年后，检疫任务及手段基本没有变化，仅对传染源的检查较为重视。
1957年，卫生部发布《中华人民共和国国境卫生检疫条例》和《中华人民共和国国境卫生检疫条例实施细则》，入境人员的医学检查以流行病学调查、临床检查及必要的病原微生物检查为主。并制定了检疫传染病船检疫程序，国境检疫逐渐规范化。在世界第七次霍乱大流行及1961年5月西太平洋地区发生前所未有的副霍乱大流行时期，青岛港检设措施得当而免受影响。1949～1986年共检疫进口船舶13476只，其中，1978～1986年检疫进口船舶7925只，占建国以来检疫总数的58.8％。
1950年，船舶不分国籍，一律实施出口检疫。1957年后，根据《中华人民共和国国境卫生检疫条例》规定，船方要求出检即实施，否则不予实施出口检疫。1949年至1986年检疫出口船舶3923只。
1949～1986年，按卫生部规定办理种痘69823人次，注射霍乱疫苗90114人次。1969～1986年，注射黄热病疫苗9413人次。自1981年起，为严防交叉感染及预防乙型肝炎发生，采取“1人1针管制”。
灭鼠 1974年前，检疫所一直沿用硫磺熏舱除鼠。1975年始，采用溴化甲烷蒸舱除鼠，效果显著。1949～1986年共办理予除鼠证书4133份。自1982年开始检疫所根据《中华人民共和国国境口岸卫生监督办法》进行港区鼠害调查。1985年1月，与青岛港务局联合组成青岛港务管理局灭鼠防鼠委员会，采用敌鼠钠盐饵盒灭鼠。至9月，由全国爱国卫生运动委员会、卫生部、交通部、铁道部、总后勤部卫生部共同验收，授予青岛港“无鼠害海港、军港、火车站”称号。
杀虫 建国初期，消毒除虫使用“ＤＤＴ”和“666”。60年代改用敌百虫和敌敌畏。从1981年起，改用二氯苯醚菊酯和溴氰菊酯。
消毒 检疫所根据世界卫生组织疫情周报提供的疫区，对来港船舶的饮用水和压仓水进行消毒。1949～1977年，采用漂白粉消毒。从1978年起改用液氯消毒。
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