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1965年10月，农业部根据国务院的指示接管青岛商品检验局的对外植物检疫工作，开始筹建动植物检疫所正式成立（以下简称动植物检疫所），有工作人员13人。受农业部和山东农业厅双重领导，党务工作由中共青岛市卫生局委员会代管。1981年9月，动植物检疫所改为农业部直属单位，归中华人民共和国动植物检疫总所领导，设立动植物检疫科有工作人员21人。1985年5月，下设石臼所动植物检疫所，编制15人。至1986年，全所工作人员总计36人。
进口动物检疫，在1963年至1986年间，共检疫检验雏鸡、鸭、天鹅、鱼、贝及动物产品鱼粉、羊毛、肠衣、皮张等423批次，计13.06万吨，43.59万头（只、尾、张）。1976年对荷兰进口17.5万张兔皮检出炭疽病，索赔11万美元。1980年前后，在世界性非洲猪瘟大暴发期间，对入境船舶全部进行消毒处理，有效地防止了疫情传入青岛地区。
出口动物检疫根据进口国的要求进行检疫检验。动物产品的检验由中华人民共和国青岛商品检验局负责，动物检疫检验由青岛动植物检疫所负责。动物检疫检验的主要品种有牛、观赏鱼类、鸟类、驴、波斯锚及贸然猖狂狐狸等。1968～1986年共检疫297批次，计11.51万头（只、尾、张）。1981年3月，首次检疫山东临沂地区向日本出口小尾驴28头，经日本检疫合格。1984年检疫出口日本的187头秦川牛和鲁西黄牛，发现疫病，全部杀灭。1986年检疫山东省赠给日本的一头鲁西黄牛在日本通关。
进口植物检疫，自1966年至1986年，共检疫79个国家和地区进口的粮食、木材、棉花等计34个品种，2043批次，1199.5万吨。从中发现了谷斑皮蠹、四纹豆象、粗腿豆象、椰甲、欧洲榆小蠹及谷象等对外检疫害虫和45种其他生活害虫，货物总量为238万吨，均按国家规定熏蒸灭虫处理。其中，1973年4月，从圭亚那进口原木中首次发现欧洲榆小蠹。外贸部废除了与圭亚那政府签订的进口原木合同。在进口的28万吨小麦中，发现小麦矮化腥黑穗病及其他对外检疫对象病害30余种。1974年3月，在“依巴巴克森”号轮船运载的13558吨美国小麦中检出小麦矮化腥黑穗病，按检疫协定原船退回。在进口的32万吨大麦、小麦、大豆、玉米中，发现对外检疫对象有杂草籽、毒麦、假高梁、蔓陀罗等及第二类控制的危险草籽16种，一般杂草籽450多种，均通知有关单位做了处理。另外，检疫邮寄、携带和海运入境的种子、苗木128批次，计1.35万株。发现樱花树苗疫情复杂，销毁4300株。对外出具索赔证明的船只共计89艘，索赔金额910多万美元。
出口植物检疫，1966～1986年共检疫检验9084批次，合计620.68万吨；其中种子、苗木347批次。些货物主要品种有粮食、棉花、花生、饲料及冻菜等70余个品种，出口100个国家和地区，经检疫发现其中有主要生活害虫89种，病害38种，熏蒸处理103万吨，加工处理和复验的43万吨，提高了中国出口的检疫检验信誉。
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