陈纯一绝非食古不化或纸上谈兵之士。他最显著的特点是对古代医籍经典既能通晓其文理，又能融汇贯通，全面掌握，学以致用。1938年夏，当地霍乱流行，人称“虎痢拉”，城乡贫苦人家无钱投医，死亡者甚多。在当时贫穷落后，缺医少药的情况下，人们更是视其为洪水猛兽而谈“虎”色变。陈纯一对此病夺走穷人生命十分痛心。他根据中医理论，分析本病的病理机制和主要特征与时令的关系，确立“温中解署”的治疗方案，再以病人具体临床表现处方谴药，随症加减而卓有显效，病人纷纷转危为安，不日痊愈。他从该病蔓延趋势分析，知其为食物不洁而引起之胃肠道疾病，由病人吐泻之秽物以昆虫这媒相互传播于人所致，恶劣的卫生条件实为诱因，故每每告诫应诊及家属和市民注意隔离，讲究卫生。这说明此时他已接受了新的预防医学观念，更受到患者称道。
陈老精通中医各科，尤以内科最为出色，对内科疑难杂症，善于从错综复杂的证候群进行归纳，以宏观上揽住全局，然后切入病机，究其根源，不为一证一候所囿，重视致病因素与人体直接或潜在的关系。在治疗法则上，他确立了“调整气血、平衡阴阳、疏理脏腑功能的生克制化”。这些法则无不体现了陈老对中医理论运用中的创新和症情复杂多变的临床诊治上的控制能力，如治疗痹症多用调理肝肾，治疗心悸多用温胆之法，治疗老年性喘咳多以肺肾同治，慢性水肿则从补益肝肾入手，嘘痹多以变通心肾之法，常人若仅从处方药物配方上是难以透彻其奥理的，故陈老尝谓弟子：“立法处方、谴药，实如将兵奕棋，知病机，识病根，方能中的。”斯言诚哉！
在陈老遗物中，从仅存的零散病案医例记录来看，其学术思想和治疗法则可见一斑。
病例一：姚素华，女，55岁，住大西街，自述经常口干无津，大便干燥，食欲不振，面黄肌瘦。该病经多家医院辗转治疗，均无好转，后求诊于陈纯一处。陈老剖析病因，认为病员多系食用辛辣大伤胃肠，造成津液不生，则食欲不振。陈老认为本病因常食辛辣助长胃火以刑肺金、阴阳俱损，水乏液枯，首当滋阴，二补肺阳，着重恢复肺脏功能，遂处方以甘露饮加减连服三剂，病情大有转机，再加人参15g、蜂糖30g，服用半月，身体完全康复。
病例二：胡素清，女，52岁，住南充市羽绒厂，患双脚痛症两年有余，经中西医及住院治疗多次，症情有减，但不能根除。后慕名到陈纯一处求治，主述小便少、食欲不振、全身乏力、浮肿，尤以双下肢为甚，陈老诊其脉象沉细，舌质淡，苔少。据此分析认为，该病属肝肾虚弱，阳气不足伤阴所致，病在下焦，属难治之列，当先滋补肝肾为要。方拟济生肾气汤（熟地、淮山、茯芩、附片、肉桂等中药共9味），服一剂后病人精神振作一些，再服一剂，病情好转，至此陈老认为本病治愈有望，病人亦喜。第三剂在前处方基础上加减，服后病家全身浮肿消退，下肢水肿缓解。后改服自拟六君汤加附片、肉桂二剂，调理脾胃中土并培肝肾之虚乏再固下焦，病情日益好转，最后去桂、附（肝肾险阳既平、肋火不可太过而致新的失衡）连服六君汤5剂，病痊愈，行走如初，恢复上班，至今退休后，此病不再复作。陈老认为，水肿病系一顽症，发于中老年。既不可等闲视之，更不可头痛医头，足痛医足，需探根求源，多从肝肾虚亏切入病所，方能痊功。
病例三：范王照，男，50岁，汽车41队驾驶员。患多汗症已数年，不问寒暑，全身流汗不止，有时大汗淋漓，口渴难耐，先不为意，随便延医，经治不效，以至无法出车，后求陈老治疗。陈老认为，病员身高体硕，年岁较大，工种为驾驶员，为最易出汗的工种，虽体胖而不实，肤色晃白，属阳气虚衰不能固汗，汗乃津化、津液损则不上敷口舌，致口渴难耐。拟方：党参30g、白术15g、黄芪30g、获苓10g、制附片9g等味，结果药到病除，病家甚觉神奇。
陈老在治病中将传统中医理论加以延伸，深刻认识到致病因素与自然变迁，人类社会活动的关联及相互影响。他在谴方用药中从不囿于成法成方，而是变通衍化，有的放矢，用药简炼、经济。临床50多年在数十万张处方中，常用药物不过百十来味。其分量一般5——10g，处方药物10味以下居多。但一经他运筹支谴则衍化无穷，处方用药精、轻、少，医界公认为一大特色，花钱少、效果好则是广大病家所企求的，故深受推崇。
作为一名有数十年临床经历的医疗工作者，陈老深知经验的总结对社会对后者启迪的重要，在繁忙的诊务之余，陈老亦善于整理撰写出部分以证型分类，从辩证施治到埋法方药及治疗转归的60多例典型病案初稿，近十万字。为此医院还派专人协助搜集整理，再行扩充成书。不幸由于整理人家庭原因，将整理稿及陈老初稿丢失一尽，此乃心血所聚，令陈老疼惜不已。后陈老年事渐高，精力不济，亦无力再涉及此事，后经本人口授由他的弟子整理的《逍遥散加减之临床分型应用》、《咽炎论治》两文在“四川省名老中医学术思想临床诊断治疗经验总结研究会”上交流并获一等奖。业内人士认为，陈老的临床经验和学术理论未能得到全面的系统的整理出版，实为中医界的一件憾事。
