不同部位的眼组织，由于所含色素的不同，对不同波长激光的吸收存在明显差异。选择激光治疗时，首先应考虑到这种激光在其靶组织中有高的吸收率，而其所经过的路径上的屈光间质及其他组织对它的吸收越少越好。
总的来说，黑色素对波长越短的光线吸收率越高，但差别不是很大；含氧血红蛋白对蓝、绿、黄光的吸收率很高，而对红光及红外光基本上不吸收；叶黄素则对蓝光有较高的吸收率。因此，兰、绿、黄光常用于虹膜、房角组织、视网膜色素上皮层及新生血管膜等，其中蓝光因能被叶黄素大量吸收，故不能用于黄斑区，以免损伤视网膜神经上皮层；红光及红外光虽然只能依赖于黑色素的吸收，但能穿透薄的出血到达脉络膜内层及视网膜色素上皮层，且不被叶黄素吸收、散射较少，故常用于屈光间质欠清、视网膜有薄的出血、黄斑区组织等，但对无色素或脱色素区效果较差，并且由于穿透性强而易于损害眼底深部组织。波长短于295nm 的紫外光则多为角膜组织所吸收，不能到达眼内组织，所以仅用于角膜手术。
