(1)随访观察：适用于病变轻微、无症状或症状轻微患者，一般可每数月随访一次。对希望生育的患者，应作有关不孕的各项检查如输卵管通液试验或子宫输卵管碘油造影，特别是在腹腔镜检查下行输卵管美蓝液通液试验，必要时解除输卵管粘连扭曲，以促使尽早受孕。若患者症状和体征加剧时，应改用其他较积极的方法。
(2)性激素疗法：由于妊娠和闭经可避免发生痛经和经血逆流，并能导致异位内膜萎缩退化，因此，性激素已成为临床上治疗内膜异位症的主要非手术疗法，但对较大的卵巢子宫内膜异位囊肿，特别是诊断尚未十分确定者或肝功能异常者均忌用性激素治疗。临床上采用的性激素疗法有：①假孕疗法；②高效孕激素疗法；③假绝经疗法；④雄激素；⑤促性腺激素释放激素激动剂(GnRHa)；⑥18甲基三烯炔诺酮。
(3)手术治疗：根据手术范围的不同，可分为保留生育功能、保留卵巢功能和根治性手术三类。
