(1)出血：冷冻对局部组织具有止血或减少局部出血的作用，故冷冻后出血极少。但一般在冷冻后1～2天内，多有少量血尿，一般无需特殊处理，可自行停止。
(2)泌尿生殖系感染：冷冻术后长期留置导尿管，是造成泌尿系统感染的主要原因。所以，术中一定要严格无菌操作，术后保持尿管清洁，常规行膀胱冲洗，并给予抗感染药物。
(3)膀胱三角区冻伤：主要原因是冷冻探杆定位不准确，金属冷冻部接触正常的膀胱组织造成的。其次，为膀胱内尿液未彻底放净，残余尿液聚积在三角区，造成组织冻伤。
(4)尿失禁：主要是因为冷冻探杆的隔温性能不佳，造成冻伤尿道外括约肌引起。
其他并发症还有腹膜炎、肾积水、一过性阴茎阴囊水肿、尿道狭窄、膀胱穿孔等。
