(1)与非特异性前列腺炎相鉴别：前列腺结核又称结核性前列腺炎，其早期临床症状与慢性前列腺炎相同，也可见前列腺液中脓细胞增多，因此临床上难以区别。常需做尿液结核菌涂片及培养，以及精液和前列腺液的结核菌检查。应注意的是，对前列腺结核病人做前列腺按摩要慎重，以防引起结核病变扩散，应先做精液结核菌检查。在应用抗痨治疗后方可考虑做前列腺按摩，以进行前列腺液结核菌涂片检查。
(2)与前列腺癌相鉴别：前列腺结核可引起前列腺增大、有坚硬的结节且固定，不易与前列腺癌区别。实际上，直肠指诊时，前列腺癌的肿块质地较结核更为坚硬，且有大小不等的结节。若癌肿已侵犯至前列腺包膜外，则肿块固定。如进行血清前列腺特异性抗原、酸性磷酸酶测定及经直肠行前列腺针吸活检术有助于诊断。
(3)与前列腺结石相鉴别：在X平片上，可见前列腺钙化影，可以是前列腺结核的表现，也可以是前列腺结石的表现。但前列腺结核常伴有附睾、输精管结核，可扪及附睾肿大或输精管有串珠状结节病变。再结合前列腺液检查，二者不难鉴别。
