(1)泌尿系统先天性畸形或梗阻。肾盂输尿管连接部狭窄，重肾，双输尿管和后尿道瓣膜畸形，或结石、肿瘤、异物等造成的尿路梗阻，可使膀胱、输尿管或肾盂内残余尿增多且潴留较久，易于引起尿路感染。如果忽略了梗阻因素，感染就很难治愈，即使治愈也容易再感染。
(2)膀胱输尿管尿液返流。正常时，尿液不会由膀胱向输尿管返流，但有先天性畸形或神经性膀胱功能障碍时，或尿潴留、膀胱过度充盈而扩张，使输尿管膀胱连接部闭锁不全，尿液向输尿管返流，并使输尿管扩张。膀胱壁薄的女孩也容易发生先天性输尿管膀胱连接部闭锁不全，使尿液返流，易发生感染。
(3)其它因素。如抵抗力的下降，致病菌的抗药性增加，再次感染，治疗的不彻底和出院时尿培养仍有细菌，复发的可能性较大。另外，泌尿系统有明显的病理改变者治疗效果也欠佳，易于再感染。可能因反复的感染，使局部形成疤痕组织，引起循环障碍，营养缺乏，细菌容易侵犯。
