妊娠期尿路感染的抗菌治疗最主要的是抗菌药物的选择问题。既要杀灭细菌，又要保证孕妇及胎儿的安全。因此，与非妊娠妇女的用药有所不同，尤其妊娠的最后3个月，抗菌药物的使用要特别慎重。磺胺类药物可致血内胆红素增多，在妊娠期可经过母体肝脏处理，而新生儿的肝脏解毒功能不全，易造成新生儿游离胆红素增多，导致核黄疸，故临产前不宜使用。呋喃B750啶可导致新生儿红细胞溶解、高胆红素血症及核黄疸，妊娠晚期也不宜使用。在妊娠晚期，使用大剂量青霉素也使新生儿易发生红细胞溶解；大量或较长期应用红霉素，易引起胎儿肝功能障碍；氨基甙类抗生素在产前使用，可引起母体及胎儿肾损害和听力障碍。长期使用四环素可使孕妇发生肝功能衰竭，四环素还可通过胎盘影响胎儿，与 血中矿物质亲和，沉积于胎儿骨骼而影响婴儿的骨骼及牙齿发育。新生儿肝脏对氯霉素解毒作用低下，可引起灰婴综合征，表现为循环衰竭，甚至死亡，还可使胎儿发生再生障碍性贫血及血小板减少症。
Harris等提出，孕妇无症状性菌尿应采取10日抗菌疗法，常用的药物有：①氨苄青霉素，0 .25g qid；②先锋霉素Ⅵ，0.25g qid；③头孢羟氨苄 0.5g bid；④大颗粒(晶体)呋喃口旦啶0.1g tid；⑤磺胺异口恶唑，0.5g qid。症状性菌尿的疗程与非孕妇也不一样，如急性膀胱炎采用10日抗菌疗法。肾盂肾炎如有发热及全身症状，则先静脉给药，症状好转或体温正常后改肌注或口服，以20天为1疗程，如反复发作频繁者可用维持量直到分娩后。
