US的病因假说很多，均无具有说服力的证据，主要有以下几种学说：
(1)感染：常规尿培养不能判断厌氧菌、溶尿素菌、衣原体及其他需要特殊培养的微生物，清洁中段尿细菌培养阴性不能否定尿路存在感染，故有些学者支持感染说。需特殊培养基的微生物主要指乳酸杆菌、链球菌、白喉杆菌等，栖生于外生殖道，是条件致病菌。有学者将正常人与US尿中的该类微生物进行了比较，结果是数量上没有差异；另外，用敏感抗生素治疗US无效。因此，感染并非US的直接原因。
(2)尿道梗阻：早期许多学者认为，US的病因是尿道狭窄，报道在尿道扩张后有明显改善，然而，尿道狭窄没有认同的标准，组织上没有可重复的证据。近年来，有人认为，尿道口的解剖学异常引起尿流梗阻，可采取手术矫正的方法，但疗效并不令人满意。
(3)神经功能异常：有些学者认为，尿道外括约肌痉挛是US的病因，指出坏的排尿习惯和多种功能异常导致排尿过程中尿道协同开放机制丧失，最终致US。Price指出尿道神经分支被增厚的纤维组织包绕致异常的Barrington's Ⅱ反射逐渐形成US。纤维组织增生可由损伤、感染、X线照射引起。
(4)心理因素：许多学者认为，US发病机理中心理因素有很大的作用，但也有反对者。叶任高认为，不少病人有明显的心理因素(焦虑性精神状态)，对此类病人使用抗菌素无效。1992年 Summers报道58例US患者和44例尿路感染患者的临床心理评估，结果两组精神抑郁得分均高，都可用躯体疾病来解释。
(5)其他：Witherow1989年报告，US患者膀胱粘膜下血管增生，免疫荧光检查示血管壁内有抗原抗体复合物沉积。有些学者认为：各种原因致尿道由富含肌肉的弹力管道变成不协同的管道，排尿时不能缩短变宽，逐渐形成US。另外，US与坏的排尿习惯、生育、年龄及轻微的组织损伤也有关。
有人将US病因归纳如下：性生活时尿道损伤、尿道旁腺感染、膀胱三角区发炎、阴道炎、应用阴道除臭剂或避孕润滑药、无润滑剂的性交创伤、阴道异常分泌、尿道器械检查、尿有沉积物或异物、各种先天性尿道口解剖异常、尿道口狭窄、尿道息肉或囊肿、结肠炎、药物过敏、饮茶或咖啡过多、对尼龙内裤或阴茎套或子宫帽过敏、雌激素不足的老年性萎缩、过度肥皂水洗或泡沫肥皂浴、个人卫生欠佳、长时间过度忍尿、手淫、穿瘦腿裤、骑车、高温、寒冷、紫外线、放射线、焦虑性精神病、癔病等均可引起US。
