(1)急性尿路感染及慢性尿路感染急性发作期：呈现湿热下注膀胱或瘀热蓄于膀胱之证，以致不能宣通水道而引起小便淋沥频数。湿热的产生，多为下阴不洁，湿热秽浊之邪由下窍而入侵膀胱。或由他脏他腑转化而来，如嗜食肥甘辛辣之品，或嗜酒太过，脾胃运化失常，积湿蕴热，湿热蕴阻中焦，下注膀胱。另外，湿热亦可由感受外邪而来，如夏秋之交，雨多湿重，气候炎热，湿热邪盛；或湿邪内侵，蕴遏而酿生湿热，下注小肠，致分清泌浊功能紊乱而传入膀胱。或因情志失和，肝气郁结，胆失通利，肝胆郁热，久郁化火，气火郁于下焦，下注膀胱，酿生湿热。故临床上淋证常伴有轻重不等的气血不畅或少阳枢机不利的表现。膀胱为州都之官，津液储藏之所，气化水始能出。湿热邪气蕴结于膀胱，气化失司，水道不利，遂发为淋证。若湿热毒邪客于膀胱，则小便灼热刺痛；若膀胱热盛，灼伤血络，则血随尿出。
(2)慢性尿路感染缓解期：以肾虚为主，肾虚指肾气虚，或气阴两虚。肾虚的发生多因消渴、水肿等病伤及于肾，或先天不足，或月经、妊娠、产褥等因素耗伤肾阴，或疲劳过度，或房室不节耗散肾气，戕伤肾阴，湿热毒邪乘虚而入，内宿脏腑而发病。湿热久蕴或渗湿利尿太过，亦可伤及肾阴。阴虚而湿热留恋，膀胱气化不利，则小便淋沥不已。若阴虚火旺，虚火灼络，络伤血溢，则血随尿出。有人认为，气阴两虚，尤以气虚是慢性尿路感染反复发作的关键，湿热“伏邪”留滞于下焦为本病缠绵难愈的主要因素。
综上所述，本病的病因以湿热为主，病位在膀胱和肾，且与肝脾等有关。其病机主要是湿热蕴结下焦，壅塞气机，导致膀胱气化不利，若病延日久，湿热亦可熏蒸于肾，耗伤肾之气阴，故临床上既有尿频、尿急、尿痛等湿热标实之候，又有腰酸、腰痛、乏力等肾虚本虚之证。病初多邪实之证，久病则由实转虚；如邪气未尽，正气已伤，则表现为虚实夹杂的证候。
