(1)感冒、流感等。百日咳早期与类疾病的表现相类似，都有轻微发热、流涕、打喷嚏、咳嗽等，但百日咳咳嗽剧烈，除痉咳外常伴鸡鸣样回声，并有呕吐等特征。
(2)气管炎、支气管炎、毛细支气管炎等有时可出现阵发性痉咳，但一般均不伴百日咳特殊的高调深吸气声，这些病变肺部听诊多有体征，X线检查肺部有炎性改变，而百日咳却没有这些表现(当出现百日咳合并气管炎、肺炎例外)。
(3)气管内异物。有异物吸入史，阵发性痉咳突然发生，无前驱类似感冒症状，查血常规：白细胞计数在正常范围，做X线或气管镜检查，可与百日咳区分。
(4)肺门淋巴结核。肿大肺门淋巴结压迫气管、支气管，可引起阵发性痉咳，此时患儿常有结核感染中毒症状，如发热、盗汗、疲倦消瘦、纳呆等。询问病史，多有结核接触史，做结核菌素试验、胸部X线检查等，可资鉴别。
(5)腺病毒和呼吸道融合病毒感染亦可引起阵发性痉咳，与百日咳相比较，此发热、气喘、精神不佳等中毒症状明显，肺部多有阳性体征，血常规检查，白细胞计数多数不象百日咳那样有明显增高。
(6)副百日咳与百日咳阵发性痉咳症状相同，但二者病源不同，副百日咳是由副百日咳杆菌所致，也能造成流行，引起气管炎、支气管炎，但一般病程较短，病情较轻，有人把它称为“百日咳综合征”，可用细菌学的检查将二者区别，否则很容易混淆。
总之，阵发性痉咳是一种比较剧烈的咳嗽，很多疾病都可以见到，有的病情还很严重，甚至会危及生命，应及时就诊。
