长时间反复的癫痫发作可引起脑组织萎缩、神经细胞缺失、胶质细胞增生、颞叶内侧硬化、神经元树突发育异常。上述病理改变程度明显与智能损害程度有关。癫痫发作引起脑组织损害的机理分下列几个方面：
(1)癫痫发作时由于大脑神经元异常电活动引起脑代谢率极大地增加，时脑组织高磷酸化合物减少，耗氧量增加。
(2)癫痫发作时由于肌肉强烈收缩及体温升高导致全身代谢率大大增加。
(3)抽搐时由于呼吸暂停、循环衰竭、低血糖等引起全身性缺氧和能量供应减少，癫痫发作时脑及全身代谢增加，耗氧量增加，而能量及氧的供应又严重不足，这就导致神经细胞的缺血缺氧性改变，严重时可导致神经细胞坏死。
由上述原理可以看出，癫痫发作次数越多，每次发作持续时间越长，脑组织损害越严重，智能障碍也就越重，大量的临床和尸解资料也证实这一点。智能障碍的程度还与癫痫起病的年龄有关，新生儿及婴幼儿大脑细胞还处在发育阶段，这时期起病的癫痫要比年长儿及成人期癫痫发作对智能的影响大。不同的癫痫发作类型对智能障碍的影响也有差别，新生儿惊厥、婴儿痉挛症、小运动癫痫未得到及时控制者，大多数有智能障碍，而原发性大发作、失神发作、儿童中央区良性癫痫等，一般智能受影响较小。
