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1897年德国侵占青岛后，德总督府辅政司负责防疫事宜，疫情报告由巡警总局负责。日本第一次侵占青岛时期，防疫事务由日本守备军民政部和警备部卫生系负责，各管区宪 兵队管理具体事项。北洋政府统治时期，胶澳商埠局警察厅卫生科负责防疫事宜。1926年胶澳商埠局成立防疫所，设所长及医官，掌管疫情和预防接种。南京国民政论第一次统治青岛时期，初由市卫生局第二、三两科执管防疫。1930年卫生局裁撤，又由青岛市社会局第四科负责。同年7月，改由第三科卫生股负责学校卫生和工厂卫生。青岛市公安局第二科接管行业卫生。
1938年6月，日占当局设立临时防疫委员会。自1939年后，疫情发生时，由日伪青岛市卫生局和警察局在青岛市市立医院内组织青岛临时防疫事务所，下设9个班办理防疫事务，至疫情解除时撤销。1939年1月，日伪青岛市卫生局成立后，防疫具体事务由卫生局防疫科负责。1942年6月，卫生局裁撤，又由伪警察局卫生科卫生防疫股负责。1945的3月16日，遵照日伪华北医药卫生委员会的命令成立青岛特别市防疫委员会。委员会由34人组成，下设防疫、庶务两课，实行种痘，发放霍乱疫苗及证书，组织预防注射、霍乱疫情消毒和组建疫情报告网，并会同伪青岛特别市政府卫生处和警察局实施饮食及检查、清洁卫生检查指导、来蝇以及传染病病人的管理和消毒等事项。1945年4月1日，日伪青岛特别市政府复设卫生处，管理防疫事务。
南京国民政府第二次统治时期，青岛市卫生局于1946年4月会同行政院善后救济总署鲁青分署、地方军警、美国军队驻青卫生当局、卫生署青岛海港检疫所和联合国善后救济总署鲁青办事处组成青岛市联合防疫委员会，协商解决防疫技术问题。同年5月31日，山东省境内疫情蔓延，济南、临沂、潍坊和青岛组织成立鲁青区联合防疫委员会，青岛联合防疫委员会即为该会青岛分会。1948年鲁青区联合防疫委员会解散，复成立青岛市联合防疫委员会，由卫生局长兼主任，设委员16人，负责防疫事宜。
1949年6月青岛解放，中国人民解放军青岛市军事管制委员会卫生部直接领导卫生防疫工作。同年8月17日，由青岛市卫生局防疫股负责。1950年成立青岛市防疫委员会，并在市南、市北、台东、台西、四方、沧口和崂山郊区成立7个区防疫分会。各分会下设134个支会，支会下设10139个卫生组。各机关、团体和工会按系统成立了15个防疫分会，230个支会及5447个卫生组。
1953年5月19日，市卫生局责成防疫科和卫生监督科负责筹建市卫生防疫站。该站于1954年3月建成，站址德县路23号，为全民所有制卫生事业单位，是卫生防疫监督、监测、宣传教育、科研培训的综合性专业机构和技术指导中心，设卫生防疫科、消毒科、化验科和行政管理科。同年11月18日，卫生防疫科分为防疫科和卫生科，化验科改称检验科，行政管理科改称事务管理科。1959年设立劳动卫生科。1960年设宣传教育科。1962年设立放射防护科。1963年成立站属青岛市检验站（站址冠县路37号，为科级建制），负责国内船员、渔民的检疫和预防接种。1964年8月13日，青岛市人民委员会成立青岛市防疫指挥部，下设办公室于市卫生局内。
“文化大革命”初期，防疫人员下放。1967年3月15日青岛市卫生防疫领导小组成立，由青岛市革命委员会和有关部门16人组成，下设办公室于市卫生局内。19 73年7月，青岛市卫生防疫站防疫科、卫生科、劳动卫生科、检验科、放射防护科和宣传教育科逐步恢复。1976年建成1900平方米的检验、放射防护楼。
1980年1月2日，市卫生防疫站设立地方病科、食品卫生科和卫生监测科，原检验科拆散，分别划归各有关业务科室，组成试验室，留部分人员设中心实验室。同年5月1日接卫生部通知，食品卫生科对外称中华人民共和国青岛食品卫生检验所，承担青岛口岸食品卫生检验工作。1982年8月14日，设立学校卫生科及消毒科。1985年4月设立防治门诊部。1984年，青岛市卫生防疫站被市政府命名为青岛市文明单位。1985年3月，被定为山东省甲级卫生防疫站。至1986年底，共有26项预防医学科研成果分别受到国家科委、卫生部、省科委、省卫生厅和市科委的奖励。
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