(1)初始治疗：在透出液病原体培养结果出来之前应选用广谱抗生素，给药途径包括腹腔内给药和静脉给药，其中腹腔内给药效果好且方便，对于沉渣涂片镜检为革兰氏阳性球菌感染者，第一代头孢菌素如头孢唑啉可作为首选，首次用量500mg/L，继之125mg/L维持。如为革兰氏阴性杆菌，宜用氨基甙类抗生素，例如庆大霉素、妥布霉素，首次用量1.5～2.0mg/L，维持量为6～8mg/L。也可以上述两类药物联合应用。
(2)抗生素的调整：病原体培养和药敏试验结果报告后，应根据药敏选择有效抗生素，疗程一般10天即可。真菌性腹膜炎治疗欠佳，故一旦确诊，最好将导管拔除，继用药物治疗。经有效抗生素治疗48小时，大部分病情明显好转，偶尔症状持续超过48小时。若96小时后患者病情仍无明显改善，应重新评估病情，调整治疗方案。
