氟哌叮醇副作用较大，其中锥体外系症状和动眼危象发生率可达13%，此药的副作用与剂量直接相关，随剂量增加而副作用加大，主要有以下几种：①锥体外系或巴金森氏样症状，如运动不全、震颤、强硬、假面具、流涎，偶伴有咀嚼困难，当剂量减少或给抗巴金森氏症药后常常有效，并于治疗后3～4个月减轻或消失。②静坐不能，如症状严重可增加安坦剂量。③发生急性肌张力障碍，运动不能，痉挛性发音障碍。④迟发性运动障碍，停药后可自行渐渐消失。⑤认识障碍、口干、便秘、食欲亢进等。
总之，当病人出现认识障碍、倦怠、抑郁、恐怖、发音困难和运动障碍时，是停用氟哌叮醇的主要指征。
